Wyróżnione krystalograficzne prace polskich autorów opublikowane w roku 2022
Krystalografia biologiczna i medyczna
Marta Grzechowiak, Agnieszka Ruszkowska, Joanna Śliwiak, Anna Urbanowicz, Mariusz Jaskólski, Miłosz Ruszkowski
Department of Structural Biology of Eukaryotes, Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Poznan 61-704, Poland; Department of Structural Chemistry and Biology of Nucleic Acids, Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Poznan 61-704, Poland; Laboratory of Protein Engineering, Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Poznan 61-704, Poland; Department of Crystallography, Faculty of Chemistry, A. Mickiewicz University, Poznan 61-614, Poland
New aspects of DNA recognition by group II WRKY transcription factor revealed by structural and functional study of AtWRKY18 DNA binding domain
International Journal of Biological Macromolecules 213 (2022) 589–601
https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2022.05.186
Czynniki transkrypcyjne (TF) WRKY stanowią jedną z największych rodzin roślinnych TF. W oparciu o organizację domen i motywów sekwencyjnych, czynniki transkrypcyjne WRKY są podzielone na trzy grupy (I-III). Podgrupa WRKY IIa obejmuje trzech przedstawicieli u A. thaliana, AtWRKY18, AtWRKY40 i AtWRKY60, zaangażowanych w regulację procesów związanych z odpowiedzią roślin na biotyczne i abiotyczne czynniki stresowe. W niniejszej publikacji przedstawiono struktury krystaliczne domeny wiążącej DNA (DBD) AtWRKY18 (fragment 160-238) oraz jej kompleks z dupleksem DNA, zawierającym sekwencję rozpoznawaną przez WRKY, tzw. W-box. Wiadomo, że podgrupa WRKY IIa tworzy homo- i hetero-dimery. Nasze dane sugerują, że interfejs dimeryzacji pełnej długości AtWRKY18 obejmuje również kontakty między między domenami wiązącymi DNA. Badania oddziaływań domeny AtWRKY18-DBD z DNA oraz analiza strukturalna wskazują na nowe aspekty rozpoznawania DNA przez WRKY, zwracając uwagę na fragmenty flankujące W-box. Ta pierwsza eksperymentalna struktura WRKY należącego do grupy II pozwoliła nam także dokonać analizy porównawczej przedstawicieli grup I-III.
Krystalografia chemiczna i farmaceutyczna
M. L. Chodkiewicz, R. Gajda, B. Lavina, S. Tkachev, V. B. Prakapenka, P. Dera, K. Woźniak
Biological and Chemical Research Centre, Department of Chemistry, University of Warsaw, Żwirki i Wigury, Warszawa 02-089, Poland: Advanced Photon Source, Argonne National Laboratory, 9700 South Cass Avenue, Lemont, IL 60439, USA; Hawai Institute of Geophysics and Planetology, Université d'Hawaï à Mānoa, 1680 East-West Road, Honolulu, HI 96822, USA
Accurate crystal structure of ice VI from X-ray diffraction with Hirshfeld atom refinement
IUCr Journal 2022, 9, 573-579
https://doi.org/10.1107/S2052252522006662
Krystalografia fizyczna
R. Gajda, D. Zhang, J. Parafiniuk, P. Dera, K. Woźniak
Biological and Chemical Research Centre, Department of Chemistry, University of Warsaw, Zwirki i Wigury 101, Warszawa 02-089, Poland; APS, University of Chicago, 9700 S. Cass Avenue, Building 434A, Argonne, IL 60439, USA; Institute of Geochemistry, Mineralogy and Petrology, Department of Geology, University of Warsaw, Zwirki i Wigury 93, Warszawa 02-089, Poland; Hawaii Institute of Geophysics and Planetology, School of Ocean and Earth Science and Technology, University of Hawaii at Manoa, 1680 East West Road, Honolulu, Hawaii 96822, USA.
Tracing electron density changes in langbeinite under pressure
IUCr Journal (2022). 9, 146-162
https://doi.org/10.1107/S2052252521012628
Krystalografia w inżynierii materiałowej i technologii
Michał K. Leszczyński, Dawid Kornacki, Michał Terlecki, Iwona Justyniak, Goran I. Miletić, Ivan Halasz, Piotr Bernatowicz, Vadim Szejko, Janusz Lewiński
Faculty of Chemistry, Warsaw University of Technology; Institute of Physical Chemistry, Polish Academy of Sciences; Ruder Bośković Institute, Zagreb, Croatia
Mechanochemical vs Wet Approach for Directing CO2 Capture toward Various Carbonate and Bicarbonate Networks
ACS Sustainable Chemistry and Engineering 2022, 10, 14, 4374–4380
https://doi.org/10.1021/acssuschemeng.1c08402
Teoria, metodyka i dydaktyka krystalografii
B. Naskrȩcki, M. Jaskólski, Z. Dauter
Faculty of Mathematics and Computer Science, Adam Mickiewicz University, Poznan, Poland; Department of Crystallography, Faculty of Chemistry, A. Mickiewicz University, Poznan, Poland; Institute of Bioorganic Chemistry, Polish Academy of Sciences, Poznan, Poland; Macromolecular Crystallography Laboratory, NCI, Argonne National Laboratory, Argonne, USA
The Euler characteristic as a basis for teaching topology concepts to crystallographers
Journal of Applied Crystallography, 2022, 55, 154-167
https://doi.org/10.1107/S160057672101205X
Praca prezentuje różne spojrzenia na charakterystykę Eulera, która jest teleskopową sumą liczby wierzchołków, krawędzi, ścian, wnętrz, itd. różnych obiektów topologicznych, w kontekście takich podstawowych pojęć krystalograficznych jak komórka elementarna czy jej część niezależna (ASU). To co jest najpiękniejsze w matematyce, czy nauce w ogóle, to nieoczekiwane związki między na pozór odległymi dziedzinami. Omawiana praca pokazuje takie właśnie nieoczekiwane (przynajmniej dla niekoniecznie matematycznie wykształconych krystalografów) związki między topologią algebraiczną (charakterystyka Eulera), geometrią klasyczną (mierzenie kątów) i geometrią różniczkową (badanie krzywizny przestrzeni). Szczególnie znamienny w omawianej pracy jest fragment łączący w równaniu (30) krzywiznę przestrzeni z charakterystyka Eulera (twierdzenie Gaussa-Bonetta). Fizykowi narzuca się tu nieodparcie analogia z twierdzeniem Gaussa z elektrostatyki, gdzie całka ze strumienia pola elektrycznego liczona po powierzchni zamkniętej jest równa ładunkowi otoczonemu przez tę powierzchnię. Można by powiedzieć, że charakterystyka Eulera pełni tu rolę swoistego „ładunku”. W pracy zaproponowano również pewne gry ułatwiające przyswojenie opisywanych w niej pojęć. Wyróżniona praca ukazuje w sposób przystępny swoistą jedność matematyki (której krystalografia klasyczna jest przecież częścią), gdzie pewne idee – takie jak charakterystyka Eulera – przenikają różne jej działy.
